Tutti i manoscritti risalenti fino al 1600 sono stati microfilmati. In collaborazione con la Biblioteca universitaria di Heidelberg, sono stati digitalizzati tutti i 624 manoscritti dell’ex biblioteca della Certosa di Magonza. I documenti digitalizzati sono accessibili online alla voce «Bibliotheca Cartusiana Moguntina».

I restanti 273 manoscritti medievali vengono digitalizzati nell'ambito di un progetto avviato nel febbraio 2024 in collaborazione con la Biblioteca universitaria di Magonza. I documenti digitalizzati sono consultabili tramite il portale "Gutenberg Capture".

Alcuni manoscritti, tra cui anche quelli moderni, sono stati resi disponibili in formato digitale su www.dilibri.de.

Nell'ambito del progetto di catalogazione dei manoscritti della Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) sono stati pubblicati quattro volumi (Hs I 1 - Hs I 490): I manoscritti della Biblioteca comunale di Magonza descritti da Gerhardt Powitz, Gerhard List, Christoph Winterer ... Wiesbaden: 1990-2021.

I manoscritti a partire da Hs I 351 sono inoltre descritti nel "Portale dei manoscritti". Finora sono state catalogate le sigle Hs I 351- Hs I 490 (Teologia e Giurisprudenza) e Hs I 513 - Hs I 529 (Medicina).

I manoscritti moderni a partire dal 1800 vengono progressivamente inseriti nel catalogo online sotto forma di schede sintetiche.

Per i manoscritti non ancora descritti sono disponibili cataloghi manoscritti nella sala di lettura.

Oltre ai manoscritti e agli autografi, la Biblioteca Scientifica Comunale possiede una collezione di frammenti in fase di costituzione che comprende importanti frammenti di manoscritti ebraici, testimonianze relative allo scriptorium di Magonza del IX secolo e frammenti tedeschi presenti nel censimento dei manoscritti. Recentemente, il frammento tardo-carolingio di un commento illustrato di Beda all’Apocalisse ha suscitato l’attenzione internazionale. I frammenti vengono progressivamente registrati nel portale dei manoscritti.