Трохи прихована між вулицями Münsterstraße і Walpodenstraße стоїть протестантська церква Altmünsterkirche. Сучасна і проста будівля з двома білими вежами не дає уявлення про її довгу і бурхливу історію. За легендою, монастир, який з раннього середньовіччя називався «Альтмюнстер», був заснований близько 700 року «Білехілт» (святою Білгілдіс), племінницею тодішнього єпископа Рігіберта, як невеликий жіночий монастир.

Спочатку він дотримувався бенедиктинських правил, але в ході церковної реформи 13 століття був приєднаний до цистерціанського ордену. У 17 столітті монастир був змушений покинути своє первісне місце розташування між вулицями Бінгерштрассе і Банхофштрассе і був відбудований в 100 метрах на південь у стилі раннього бароко. Спочатку Альтмюнстер був багатим. Найважливішою реліквією була плащаниця Христа, яку показували щороку у великодній понеділок і яка сьогодні знаходиться в соборі.

У 1802 році церква Альтмюнстер була передана французьким префектом новоствореної Об'єднаної євангелічної громади в Майнці. Бенедиктинці з Якобсберга, які тим часом розмістилися в Альтмюнстері, були змушені покинути церкву і монастир. Вперше з часів Тридцятирічної війни в Альтмюнстері знову відслужили євангелічне богослужіння в Майнці. Лише через кілька років протестанти за наказом Наполеона були змушені переїхати до маленької церкви Вельшнонен. Монастир Альтмюнстер, що підпорядковувався французькій військовій адміністрації, спочатку став пологовим будинком, а з 1808 року — військовим госпіталем. У наступні роки Альтмюнстер також використовувався у військових цілях: з 1895 року як протестантська гарнізонна каплиця, а зрештою як французько-католицька гарнізонна церква.

У 1929 році євангелічна громада Майнца викупила церкву у рейхсфіска за 88 000 рейхсмарок. Церква Альтмюнстер була визначена третьою євангелічною міською церквою після церков Святого Іоанна та Христа.

У період націонал-соціалізму церква разом із сусіднім Вартбургом була центром «Релігійного руху німецьких християн», а з 1936 року знову стала гарнізонною церквою. Після руйнування Альтмюнстера під час Другої світової війни життя громади повністю зупинилося.

Лише наприкінці 50-х років церква була перероблена та відбудована у стилі того часу архітектором Отто Фогелем. Будівельні прикраси на східному фасаді були видалені, портал пізнього ренесансу знесений, вежі перероблені, а вікна зменшені. Головний вхід був перенесений на захід, до вулиці Вальподенштрассе.

Церква була знову освячена в 1960 році і з того часу служить громаді Альтмюнстера як місце богослужіння. Завдяки тісній співпраці з музичною академією в церкві Альтмюнстеру встановлено два органи: у будні дні тут репетирують студенти, а у вихідні та святкові дні органи звучать під час богослужінь.