La Biblioteca Scientifica Comunale di Magonza conserva, in quanto patrimonio storico, un vasto fondo di manoscritti medievali e stampe antiche. Notevoli collezioni speciali, come la produzione della casa editrice di libri per bambini Jos. Scholz, la collezione di libri ornitologici di Jakob Moyat o l’Archivio Peter Cornelius, sono cresciute grazie a donazioni e lasciti, integrati da acquisizioni antiquarie.

In quanto istituto di ricerca attivo, la Biblioteca comunale mette a disposizione la letteratura attuale per lo studio dei propri manoscritti, stampe storiche, autografi, lasciti e collezioni speciali. Una parte di questa letteratura è disponibile in un'area a libero accesso al primo piano della biblioteca (accesso tramite il banco prestiti).