Naukowa Biblioteka Miejska w Moguncji przechowuje jako dziedzictwo historyczne bogaty zbiór średniowiecznych rękopisów i starych druków. Godne uwagi kolekcje specjalne, takie jak produkcja wydawnictwa książek dla dzieci Jos. Scholz, kolekcja książek ornitologicznych Jakoba Moyata lub archiwum Petera Corneliusa, powstały dzięki darowiznom i spadkom, które zostały uzupełnione zakupami antykwarycznymi.

Jako aktywna instytucja badawcza biblioteka miejska udostępnia aktualną literaturę do pracy z rękopisami, historycznymi drukami, autografami, spadkami i zbiorami specjalnymi. Część tej literatury znajduje się w osobnej sekcji na pierwszym piętrze biblioteki (dostęp przez wypożyczalnię).