Наукова міська бібліотека Майнца зберігає як історичну спадщину великий фонд середньовічних рукописів і старих друкованих видань. Визначні спеціальні колекції, такі як продукція видавництва дитячих книг Jos. Scholz, орнітологічна колекція книг Якоба Моята або архів Петера Корнеліуса, були сформовані з дарунків і спадків, які були доповнені антикварними придбаннями.

Як діючий науково-дослідний заклад, міська бібліотека надає доступ до сучасної літератури для роботи з її рукописами, історичними друкованими виданнями, автографами, спадщинами та спеціальними колекціями. Частину цієї літератури можна знайти в окремій зоні вільного доступу на 1-му поверсі бібліотеки (доступ через відділ видачі).