Une grande partie des zones urbaines gérées par la Biotopkolonne se trouvent en périphérie. Certaines de ces zones sont situées dans des réserves naturelles et nécessitent donc une gestion minutieuse et spécialisée en matière de protection de la nature, ainsi que des connaissances particulières sur les espèces. L'entretien comprend de nombreux domaines d'activité et s'appuie sur des considérations écologiques. Il comprend des mesures visant à promouvoir spécifiquement la flore et la faune. Il s'agit par exemple de directives de fauchage, telles que la fixation des dates de fauchage et la conservation des peuplements d'herbes anciennes, afin de préserver et de protéger les habitats des plantes et des animaux. En outre, l'identification et la lutte contre les néophytes sur ces zones sont un thème récurrent.