Wiele terenów miejskich, którymi opiekuje się Biotopkolonne, znajduje się na obrzeżach miasta. Część tych terenów znajduje się na obszarach chronionych, dlatego wymagają one starannej opieki zgodnej z zasadami ochrony przyrody oraz specjalistycznej wiedzy na temat gatunków. Pielęgnacja obejmuje wiele obszarów zadań i opiera się na aspektach ekologicznych. Obejmuje ona działania, które mają na celu wspieranie flory i fauny. Są to na przykład wytyczne dotyczące koszenia, takie jak ustalanie terminów koszenia i zachowanie starych traw w celu zachowania i ochrony siedlisk roślin i zwierząt. Ponadto rozpoznawanie i zwalczanie neofitów na tych obszarach jest powracającym tematem.