Des changements importants dans les habitats et les structures végétales ont eu lieu à partir de 2006 avec la mise en œuvre du projet « Rénovation écologique des murs » financé par la Fondation fédérale allemande pour l'environnement (DBU) et l'extension des travaux à tous les murs de la citadelle à partir de 2017.

L'abattage d'arbres dans le cadre du projet et, surtout, la propagation de la maladie de l'écorce noire chez les érables ont entraîné une réduction significative des précieuses zones forestières naturelles de la citadelle. 

Afin de garantir le plus rapidement possible les fonctions écologiques, il a également été nécessaire de mettre à jour le plan d'entretien et de développement de la citadelle. Ce plan régit en détail l'entretien de la végétation dans la zone protégée « Espace vert de la citadelle avec fossé » et les zones adjacentes. Il présente également le nouveau réseau de chemins élargi de la citadelle, qui relie la vieille ville de Mayence à la ville haute. 

Le plan formule également des mesures pour le développement de biotopes précieux, par exemple pour les espèces végétales nécessitant beaucoup de lumière et les espèces animales nécessitant beaucoup de chaleur. Il répond ainsi à la fois aux besoins de l'homme et de la nature.

• Des mesures telles que le développement de bordures fleuries au pied des murs ensoleillés, d'espèces d'herbes et de graminées ombragées à la lisière des bois, la plantation de nouveaux arbustes et arbres ainsi que la plantation de lierre
• l'aménagement de prairies dans les zones plus ensoleillées et la protection d'espèces figurant sur la liste rouge, telles que la molène poudreuse (Verbascum pulverulentum), la langue de bouc (Himantoglossum hircinium L.) ou le trèfle nain (Medicago minima), en font également partie
• La préservation et la promotion des relations de mise en réseau, la création d'habitats de substitution pour les espèces animales vivant dans les murs, comme l'utilisation de pierres d'habitat dans les murs, la construction de murs en pierres sèches comme habitat de substitution pour les insectes et les lézards des souches ou la création d'ouvertures d'envol pour les chauves-souris font partie du plan d'entretien et de développement.