A partire dal 2006 si sono verificati profondi cambiamenti negli habitat e nelle strutture vegetazionali a seguito dell’attuazione del progetto «Risanamento ecologico delle mura», finanziato dalla Fondazione Federale Tedesca per l’Ambiente (DBU), e della successiva estensione, a partire dal 2017, dei lavori di costruzione a tutte le mura della Cittadella.

L'abbattimento di alberi nell'ambito del progetto e, non da ultimo, la diffusione della malattia della corteccia fuligginosa sugli aceri hanno portato a una significativa riduzione delle preziose aree simili a foreste naturali sulla cittadella. 

Per poter garantire il prima possibile le funzioni ecologiche, si è reso necessario anche l'aggiornamento del piano di manutenzione e sviluppo della Cittadella. Questo regola in dettaglio la cura della vegetazione nell'area paesaggistica protetta "Aree verdi della Cittadella con zona del fossato" e delle aree adiacenti. Inoltre, illustra il nuovo e ampliato sistema di sentieri della Cittadella come collegamento tra il centro storico di Magonza e la città alta. 

Il piano formula anche misure per lo sviluppo di biotopi di pregio, ad esempio per specie vegetali che necessitano di luce e specie animali che necessitano di calore. Esso soddisfa quindi in egual misura le esigenze dell’uomo e della natura.

• Misure quali lo sviluppo di bordure ricche di fiori in corrispondenza dei piedi dei muri esposti al sole, specie di erbe e graminacee che prediligono l’ombra ai margini dei boschetti, la nuova piantumazione di arbusti e alberi nonché la piantumazione di edera
• la creazione di prati nelle zone più soleggiate e la protezione di specie della Lista Rossa, come ad esempio il verbasco polverulento (Verbascum pulverulentum), l’himantoglossum hircinium (Himantoglossum hircinium L.) o il medicago minima (Medicago minima), ne fanno parte
• La conservazione e la promozione delle connessioni ecologiche, la creazione di habitat sostitutivi per le specie animali che vivono nei muri, come l'utilizzo di pietre habitat nei muri, la costruzione di muri a secco come habitat sostitutivo per insetti e lucertole o di aperture di accesso per i pipistrelli, rientrano nei contenuti del piano di manutenzione e sviluppo.