La flora e la fauna che si sono sviluppate nel corso dei decenni in alcune parti della cittadella hanno oggi un valore inestimabile: qui vivono 447 specie animali e vegetali, tra cui uccelli, pipistrelli e api selvatiche. 66 di queste specie figurano addirittura nella Lista Rossa, ad esempio il pipistrello bruno dalle orecchie lunghe, l’ape a corna lunghe, il cervo volante nano, il tasso e la verbascum floccoso. Le mura della cittadella sono inoltre tra i biotopi di muschio più importanti a livello nazionale.

Un altro aspetto particolare è l’età delle mura della cittadella: si tratta infatti di habitat rimasti indisturbati per secoli, che oltre alla biodiversità ospitano presumibilmente anche popolazioni antichissime e riserve genetiche delle specie.

Inoltre, il verde della cittadella funge da polmone verde del centro città, che è strutturalmente isolato dai corridoi d'aria fresca della periferia. Il verde della cittadella filtra l'aria e rinfresca e umidifica il clima urbano caldo e secco fino alle zone abitate. 

L'elevato valore del verde della cittadella ha portato nel 1986 alla designazione del fossato e di una parte dei bastioni come elemento paesaggistico protetto (GLB) ai sensi del § 29 della legge federale sulla protezione della natura. Da allora, un regolamento disciplina le azioni e le misure consentite. Ora è l'ultimo rifugio dei suoi abitanti, poiché al di fuori del GLB il verde è stato in gran parte sradicato.