Poważne zmiany w siedliskach i strukturze roślinności nastąpiły od 2006 r. w wyniku realizacji projektu „Ekologiczna renowacja murów” finansowanego przez Niemiecką Federalną Fundację Środowiska (DBU) oraz rozszerzenia prac budowlanych na wszystkie mury cytadeli od 2017 r.

Wycinka drzew towarzysząca projektowi, a także rozprzestrzenianie się choroby kory klonów spowodowanej sadzą doprowadziły do znacznego zmniejszenia cennych obszarów przypominających naturalny las na terenie cytadeli. 

Aby jak najszybciej zapewnić funkcje ekologiczne, konieczne było również aktualizowanie planu pielęgnacji i rozwoju cytadeli. Reguluje on szczegółowo pielęgnację roślinności w chronionym obszarze krajobrazowym „zieleń cytadeli wraz z okopami” oraz na terenach przyległych. Ponadto przedstawia on nowy i rozbudowany system dróg cytadeli jako połączenie między starówką Moguncji a górną częścią miasta. 

Plan określa również działania mające na celu rozwój cennych biotopów, np. dla gatunków roślin wymagających światła i gatunków zwierząt wymagających ciepła. Służy on zatem zarówno potrzebom ludzi, jak i natury.

• Środki takie jak rozwój bogatych w kwiaty obrzeży w obszarze nasłonecznionych podnóży murów, gatunków cieniolubnych ziół i traw na skraju lasu, nowe nasadzenia krzewów i drzew oraz nasadzenia bluszczu
• tworzenie łąk w bardziej nasłonecznionych odcinkach oraz ochrona gatunków z czerwonej listy, takich jak np. dziewanna pylista (Verbascum pulverulentum), jaskier owłosiony (Himantoglossum hircinium L.) lub koniczyna karłowata (Medicago minima)
• Utrzymanie i wspieranie powiązań sieciowych, tworzenie zastępczych siedlisk dla gatunków zwierząt zamieszkujących mury, np. poprzez stosowanie kamieni siedliskowych w murach, budowa suchych murów jako zastępczych siedlisk dla owadów i jaszczurek zwyczajnych lub otworów wlotowych dla nietoperzy to tylko niektóre z elementów planu pielęgnacji i rozwoju.