A partir de 2006 se produjeron cambios importantes en los hábitats y las estructuras vegetales debido a la puesta en marcha del proyecto «Rehabilitación ecológica de muros», financiado por la Fundación Federal Alemana para el Medio Ambiente (DBU), y a la posterior ampliación de las obras a todos los muros de la ciudadela a partir de 2017.

La tala de árboles durante el proyecto y, sobre todo, la propagación de la enfermedad de la corteza negra en los arces han provocado una reducción significativa de las valiosas zonas similares a bosques naturales en la ciudadela. 

Para poder garantizar las funciones ecológicas lo antes posible, también fue necesario actualizar el plan de mantenimiento y desarrollo de la ciudadela. Este plan regula en detalle el mantenimiento de la vegetación en el elemento paisajístico protegido «Zona verde de la ciudadela con foso» y las superficies adyacentes. Además, muestra el nuevo y ampliado sistema de caminos de la ciudadela como conexión entre el casco antiguo de Maguncia y la ciudad alta de Maguncia. 

El plan también formula medidas para el desarrollo de biotopos valiosos, por ejemplo, para especies vegetales que necesitan luz y especies animales que necesitan calor. De este modo, satisface por igual las necesidades del ser humano y de la naturaleza.

• Medidas como el desarrollo de bordes ricos en flores en la zona soleada al pie de los muros, especies de hierbas y pastos de sombra en los bordes de los bosques, la replantación de arbustos y árboles, así como la plantación de hiedra
• creación de prados en las zonas más soleadas y la protección de especies incluidas en la lista roja, como la verbascum pulverulentum, la himantoglossum hircinium L. o la medicago minima, también forman parte de ello
• La conservación y el fomento de las relaciones de interconexión, la creación de hábitats sustitutivos para especies animales que habitan en muros, como el uso de piedras de hábitat en el muro, la construcción de muros secos como hábitat sustitutivo para insectos y lagartijas o de aberturas de vuelo para murciélagos forman parte del plan de mantenimiento y desarrollo.