Dział ten zajmuje się ochroną roślin, zwierząt i ich siedlisk na obszarach chronionych, na terenach otwartych oraz
na obszarach zabudowanych, a także w pobliżu budynków i wewnątrz nich. Realizuje działania mające na celu wdrożenie strategii na rzecz różnorodności biologicznej oraz planu zagospodarowania przestrzennego w celu wzmocnienia poszczególnych biotopów. Zabezpieczenie prawne odbywa się za pośrednictwem portali danych geograficznych. Dział prowadzi wymianę informacji w ramach poszczególnych projektów, na szczeblu międzygminnym, a także w ramach rady ds. ochrony przyrody.