يمكن أن يساعد غسل الفاكهة والخضروات في إزالة مواد المعالجة العالقة والجراثيم والأوساخ. أما بالنسبة للسلطة الطازجة المقطوفة من الحقل، فإن ضرورة غسلها تتضح لنا على الفور، فمن منا يحب أن يشعر بالرمل الذي يصدر صوت طقطقة بين أسنانه؟ يجب غسل جميع أنواع الفاكهة والخضروات دون تقطيعها قبل تناولها. وبعد ذلك فقط تُزال الأجزاء الفاسدة أو الذابلة. ولا تقم بتقطيع القطع مسبقًا، وإلا ستفقد الفيتامينات والمغذيات أثناء الغسل. بشكل عام، اغسلها وقطّعها قبل تناولها مباشرةً، فهذا يساعد في الحفاظ على الطبقة الواقية الطبيعية ويقلل من عدد الجراثيم.

يمكن غسل الأنواع القوية، مثل البطاطس أو الجزر، بالماء وفرشاة الخضار. أما الأنواع الحساسة، مثل الخس أو التوت، فيُفضل تنظيفها في كمية وفيرة من الماء الراكد، دون نقعها لفترة طويلة. فتيار الماء المنبعث من الصنبور لا يصل دائمًا إلى جميع أجزاء السطح. من يرغب في توفير المياه والغسل الجيد، ينبغي عليه غسلها في وعاء واستخدام المياه المتبقية، على سبيل المثال، لسقي الزهور. واعتمادًا على متانة نوع الفاكهة أو الخضار، يمكن بعد ذلك تجفيفها أو التربيت عليها برفق. وكلاهما ينظف السطح بشكل إضافي.

هناك أطعمة تختلف الآراء حول كيفية غسلها، وفي مقدمتها الفطر. تذكر العديد من كتب الطبخ أنه يجب تنظيف الفطر بفرشاة ناعمة فقط. والحجة الرئيسية هي أن الفطر، لعدم وجود قشرة صلبة له، يمتص الماء ثم يفقد مذاقه. من حيث المبدأ، تحتوي معظم أنواع الفطر على نسبة عالية من الماء، لذا فإن امتصاص المزيد من الماء يكاد يكون مستحيلاً. لذلك لا يوجد ما يمنع شطف الفطر المزروع المتوفر في الأسواق لفترة قصيرة تحت الماء الجاري أو تنظيفه بقطعة قماش مبللة. أما بالنسبة للفطر الذي يتم جمعه بنفسك، فإن تنظيفه بالفرشاة يساعد في إزالة الأوساخ الكبيرة العالقة مثل الرمل أو إبر الصنوبر. وينبغي أن يعتمد الغسل الإضافي على بنية الفطر.

وعندما يتعلق الأمر بالغسل، غالبًا ما يتم نسيان جميع أنواع الفاكهة التي تحتاج إلى تقشير، مثل الموز والمانجو والبرتقال واليوسفي. كما تحتوي أسطح هذه الأنواع من الفاكهة على بقايا مبيدات الآفات والمواد المعالجة. وعند تقشيرها، تنتقل هذه البقايا إلى أيدينا ومن ثم إلى الفاكهة المقشرة. لذا ينطبق هنا أيضًا ما يلي: اغسل أولًا، ثم قشر، ثم تناول الطعام، ولا تنسَ غسل يديك.  

تم إجراء العديد من الدراسات العلمية حول مدى قدرة الصودا أو الخل على تحسين التنظيف والحد من الجراثيم. على سبيل المثال، اختبر علماء أمريكيون في دراسة أجريت عام 2017 ثلاث طرق مختلفة للتنظيف. وقد اختبروا على التفاح ما إذا كان الغسل بماء الصنبور، أو بمبيض الكلور المتوفر في الأسواق، أو بالصودا (هيدروكربونات الصوديوم) هو الأكثر فعالية. وأظهرت النتائج أن ماء الصنبور وحده يضمن أداءً جيدًا في التنظيف. وقد أدى التنظيف بالصودا إلى تقليل مادة حافظة (ثيابيندازول) ومبيد حشري واسع النطاق بشكل جيد للغاية. يمكن أن تساعد الصودا التقليدية في إزالة المزيد من المواد الضارة بشكل ملحوظ، ولكن فقط إذا تم نقع الفاكهة لمدة ربع ساعة في محلول صودا (ضعيف). وفي النهاية، قد يؤثر إضافة الصودا أو الخل سلبًا على مذاق وقوام أنواع معينة من الفواكه والخضروات. أما مدى إزعاج ذلك، فهو مسألة ذوق شخصي.

أظهرت الدراسات أن المنتجات المزروعة بطريقة عضوية حققت نتائج أفضل بكثير فيما يتعلق بمستويات بقايا مبيدات الآفات. لكن هذا لا يعني أنها خالية تمامًا من الجراثيم.  فالمنتجات العضوية أيضًا معرضة لتلوث الهواء، ويمكن أن تصل إليها الملوثات، على سبيل المثال، عن طريق المطر. علاوة على ذلك، غالبًا ما لا يقتصر الزراعة العضوية على منطقة معينة، وبالتالي يمكن أن تنتقل كميات ضئيلة من مبيدات الآفات من الحقول المجاورة بفعل الرياح. كما تنتقل الجراثيم الطبيعية الموجودة في التربة إلى الفواكه والخضروات المزروعة عضوياً أثناء الزراعة. ولذلك، ينبغي غسل المنتجات المزروعة عضوياً جيداً قبل تناولها.