Meyve ve sebzeleri yıkamak, üzerlerine yapışmış ilacın kalıntılarını, mikropları ve kiri gidermeye yardımcı olabilir. Tarladan yeni toplanmış taze salata söz konusu olduğunda, yıkamanın gerekliliği hemen anlaşılır; zira kim dişlerinin arasında çıtırdayan kum hissetmek ister ki? Tüm meyve ve sebze türleri, tüketilmeden önce kesilmeden yıkanmalıdır. Ancak bundan sonra bozulmuş veya solmuş kısımlar çıkarılmalıdır. Parçaları önceden kesmeyin, aksi takdirde yıkama sırasında vitaminler ve besin maddeleri kaybolur. Genel olarak, meyve ve sebzeleri tüketmeden hemen önce yıkayıp doğrayın; bu, doğal koruyucu tabakanın korunmasına ve mikrop sayısının düşük tutulmasına yardımcı olur.

Patates veya havuç gibi dayanıklı türler, su ve bir sebze fırçası ile yıkanabilir. Marul veya ahududu gibi hassas türler ise bol miktarda durgun suda yıkanmalı, ancak suda fazla bekletilmemelidir. Musluğun su akışı her zaman yüzeyin her yerine ulaşmaz. Su tasarrufu yapmak ve iyice yıkamak isteyenler, bir kasede yıkamalı ve kalan suyu örneğin çiçekleri sulamak için kullanmalıdır. Meyve ve sebze türünün dayanıklılığına bağlı olarak, daha sonra kurutulabilir veya hafifçe silinebilir. Her iki yöntem de yüzeyi ek olarak temizler.

Yıkanma konusunda görüşlerin ayrıldığı gıdalar vardır; bunların başında mantarlar gelir. Birçok yemek kitabında, mantarların sadece yumuşak bir fırça ile temizlenmesi gerektiği yazmaktadır. Bunun temel gerekçesi, mantarların sert bir kabuğu olmadığı için suyu emip lezzetlerini yitirecek olmalarıdır. Prensip olarak çoğu mantar türü zaten yüksek su içeriğine sahiptir; bu nedenle ek su emilimi neredeyse imkansızdır. Dolayısıyla, piyasada satılan kültür mantarlarını akan su altında kısaca durulamak veya nemli bir bezle temizlemek için bir engel yoktur. Kendi topladığınız mantarları fırçalamak, kum veya çam iğneleri gibi yapışmış büyük kirlerin temizlenmesine yardımcı olur. Ek yıkama işlemi, mantarın yapısına göre yapılmalıdır.

Yıkama konusu söz konusu olduğunda, soyulması gereken tüm meyve türleri, örneğin muz, mango, portakal ve mandalina, genellikle unutulur. Bu meyve türlerinin yüzeylerinde de bitki koruma maddeleri ve işleme maddelerinin kalıntıları bulunur. Soyarken bu kalıntılar ellerimize bulaşır ve oradan da soyulmuş meyveye geçer. Bu nedenle burada da şu kural geçerlidir: önce yıkayın, sonra soyun, ardından yiyin ve ellerinizi yıkamayı unutmayın.  

Karbonat veya sirkenin temizliği ne ölçüde iyileştirdiği ve mikropları ne kadar azalttığı konusu, bilimsel olarak birçok kez incelenmiştir. Örneğin, 2017 yılında Amerikalı bilim insanları tarafından yapılan bir çalışmada üç farklı temizlik yöntemi test edilmiştir. Elmalar üzerinde, musluk suyu, piyasada satılan klorlu ağartıcı veya karbonat (sodyum hidrojenkarbonat) ile yıkamanın hangisinin en etkili olduğunu test ettiler. Sonuç olarak, musluk suyunun bile iyi bir temizlik performansı sağladığı ortaya çıktı. Karbonatla temizlik, özellikle bir koruyucu madde (tiabendazol) ve geniş spektrumlu bir böcek ilacını çok iyi bir şekilde azaltmıştır. Klasik karbonat, çok daha fazla zararlı maddenin giderilmesine yardımcı olabilir, ancak bu, meyvelerin çeyrek saat boyunca (zayıf) bir karbonat çözeltisinde bekletilmesi durumunda geçerlidir. Sonuç olarak, karbonat veya sirke ilavesi, bazı meyve ve sebze türlerinin tadını ve kıvamını olumsuz etkileyebilir. Bunun ne kadar rahatsız edici olduğu ise kişisel bir tercihtir.

Araştırmalara göre, organik tarımdan elde edilen ürünler, bitki koruma maddesi kalıntıları açısından belirgin şekilde daha iyi sonuçlar vermiştir. Ancak bu, ürünlerin mikroplardan tamamen arındırılmış olduğu anlamına gelmez.  Organik ürünler de hava kirliliğine maruz kalmaktadır ve örneğin yağmur yoluyla üzerlerine kirletici maddeler bulaşabilir. Ayrıca, organik tarım genellikle tek bir bölgeye özgü değildir; bu nedenle komşu tarlalardan az miktarda bitki koruma maddesi rüzgârla bu ürünlere taşınabilir. Topraktaki doğal mikroorganizmalar da yetiştirme sürecinde organik tarımla üretilen meyve ve sebzelere bulaşabilir. Bu nedenle organik tarım ürünleri de tüketilmeden önce iyice yıkanmalıdır.