Laver les fruits et légumes peut aider à éliminer les résidus de traitement, les germes et la saleté qui y adhèrent. Dans le cas de la salade fraîchement cueillie, la nécessité de la laver nous apparaît d'emblée, car qui aime sentir le sable crisser entre ses dents ? Tous les fruits et légumes doivent être lavés entiers avant d’être consommés. Ce n’est qu’ensuite qu’il faut retirer les parties abîmées ou flétries. Il ne faut pas non plus les couper au préalable, car cela entraînerait une perte de vitamines et de nutriments lors du lavage. En règle générale, il est préférable de les laver et de les couper juste avant de les consommer ; cela permet de préserver leur couche protectrice naturelle et de limiter la présence de germes.

Les variétés robustes, comme les pommes de terre ou les carottes, peuvent être lavées à l’eau à l’aide d’une brosse à légumes. Les variétés fragiles, comme la salade ou les framboises, doivent de préférence être nettoyées dans une grande quantité d’eau stagnante, sans toutefois être laissées trop longtemps dans l’eau. Le jet d’eau du robinet n’atteint pas toujours toutes les parties de la surface. Si vous souhaitez économiser l’eau tout en lavant soigneusement vos fruits et légumes, il est préférable de les laver dans un saladier et d’utiliser l’eau restante, par exemple pour arroser vos fleurs. Selon la robustesse de la variété de fruits ou de légumes, vous pouvez ensuite les sécher ou les éponger. Ces deux méthodes permettent de nettoyer davantage la surface.

Il existe des aliments pour lesquels les avis divergent quant au lavage, notamment les champignons. De nombreux livres de cuisine indiquent que les champignons ne doivent être nettoyés qu’à l’aide d’une brosse douce. L’argument principal est que, n’ayant pas de peau ferme, les champignons absorberaient l’eau et perdraient alors leur saveur. En principe, la plupart des espèces de champignons ont une teneur en eau élevée, ce qui rend une absorption d’eau supplémentaire pratiquement impossible. Il n’y a donc aucune raison de ne pas rincer brièvement les champignons de culture vendus dans le commerce sous l’eau courante ou de les nettoyer avec un chiffon humide. Brosser les champignons cueillis soi-même permet d’éliminer les salissures importantes qui y adhèrent, comme le sable ou les aiguilles de sapin. Le lavage supplémentaire doit être adapté à la structure du champignon.

En matière de lavage, on oublie souvent tous les fruits qui doivent être pelés, comme par exemple les bananes, les mangues, les oranges et les mandarines. La surface de ces fruits contient également des résidus de produits phytosanitaires et de substances de traitement. Lorsqu’on les épluche, ces résidus se déposent sur nos mains, puis se retrouvent sur le fruit épluché. C’est pourquoi la règle suivante s’applique ici aussi : d’abord laver, puis éplucher, puis manger, sans oublier de se laver les mains.  

La capacité du bicarbonate de soude ou du vinaigre à améliorer le nettoyage et à réduire les germes a fait l'objet de plusieurs études scientifiques. Par exemple, dans une étude réalisée en 2017 par des scientifiques américains, trois méthodes de nettoyage différentes ont été testées. À l'aide de pommes, ils ont cherché à déterminer si le lavage à l'eau du robinet, avec un eau de Javel disponible dans le commerce ou avec du bicarbonate de soude (hydrogénocarbonate de sodium) était le plus efficace. Les résultats ont montré que l'eau du robinet garantissait déjà une bonne efficacité de nettoyage. Le nettoyage au bicarbonate de soude a notamment permis de réduire très efficacement la présence d’un conservateur (le thiabendazole) et d’un insecticide à large spectre. Le bicarbonate de soude classique peut aider à éliminer nettement plus de substances nocives, mais uniquement si les fruits sont trempés pendant un quart d’heure dans une solution (peu concentrée) de bicarbonate de soude. Enfin, l’ajout de bicarbonate de soude ou de vinaigre peut altérer le goût et la texture de certains fruits et légumes. La mesure dans laquelle cela est perçu comme gênant relève du goût de chacun.

Lors d'analyses, les produits issus de l'agriculture biologique ont obtenu de bien meilleurs résultats en matière de teneur en résidus de produits phytosanitaires. Cela ne signifie toutefois pas pour autant qu'ils soient exempts de germes.  Les produits bio sont eux aussi exposés à la pollution atmosphérique et peuvent être contaminés par des substances nocives, par exemple par la pluie. De plus, l’agriculture biologique n’est souvent pas limitée à une seule région ; de faibles quantités de produits phytosanitaires provenant des champs voisins peuvent donc être transportées par le vent. Les germes naturels présents dans le sol se retrouvent également sur les fruits et légumes issus de l’agriculture biologique lors de leur culture. C’est pourquoi les produits issus de l’agriculture biologique doivent eux aussi être soigneusement lavés avant d’être consommés.