La sinagoga di Magonza-Weisenau fu costruita nel 1737/38. Poiché nel XVIII secolo la comunità ebraica di Weisenau costituiva quasi un quarto della popolazione del villaggio, la sinagoga fu eretta sulla Wormser Straße.

Durante l'assedio di Magonza del 1793, la sinagoga subì gravi danni. Solo 25 anni dopo i danni furono riparati. Durante la Notte dei Cristalli del 1938, i nazisti saccheggiarono e profanarono la sinagoga di Weisenau. Temendo che le fiamme potessero propagarsi alle case vicine, tuttavia, non appiccarono il fuoco all'edificio. Nel 1940 la sinagoga e il terreno furono venduti con procedura coatta e nel dopoguerra furono adibiti a capannone e pollaio.

La sinagoga cadde nell'oblio; solo nel 1978 il significato originario dell'edificio fu nuovamente riconosciuto grazie alla mostra «Gli ebrei a Magonza». L'edificio, situato in una posizione nascosta, fu posto sotto tutela monumentale, ceduto alla città di Magonza e restaurato con l'aiuto dell'associazione di sostegno fondata nel 1993. Il 27 maggio 1996 la sinagoga è stata inaugurata. Nel
cortile antistante la sinagoga sono stati rinvenuti due mikveh (bagni rituali) risalenti a epoche diverse. Questi mikveh, risalenti al periodo barocco e alla metà del XIX secolo, rendono la sinagoga di Weisenau unica in Germania.

Nota: le visite alla sinagoga di Weisenau sono possibili solo su appuntamento.